Wśród zadań przygotowywanych przez Zarząd Inwestycji Miejskich jest też przebudowa istniejących budynków schroniska oraz budowa budynku administracyjno-socjalnego, ambulatorium i pawilonów dla bezdomnych zwierząt przy ul. Rybnej. Dzięki temu czekające na nowych właścicieli psy i koty będą miały zdecydowanie lepsze warunki. Łączna powierzchnia użytkowa schroniska po przebudowie wyniesie 2 345,7 m2. Wybiegi szkoleniowe dla zwierząt będą miały powierzchnię około 6 200 m2.
Jesienią 2018 roku został wyłoniony wykonawca zadania. Jest nim konsorcjum firm „ATB” Przedsiębiorstwo Budowlano-Inżynieryjne Tomasz Adamczyk (lider) i Firma Ogólnobudowlana „Jarkop” Jarosław Adamczyk. Wartość kontraktu to 4,7 mln zł. Autorem projektu budowlanego jest BP Projekt Kazimierz Butelski.
W pierwszym etapie zadaniem wykonawcy będzie przygotowanie dokumentacji projektowej, a następnie rozbiórka starego budynku kwarantanny. W to miejsce ma powstać nowy pawilon dla zwierząt, w którym będzie oddział kwarantanny. Ponadto wykonawca częściowo przebuduje instalacje wewnętrzne oraz zaaranżuje od nowa otoczenie schroniska wraz z przełożenie infrastruktury podziemnej. Realizacja tego etapu zadania zakończyła się.
Obecnie trwa realizacja kolejnego etapu przebudowy schroniska – powstaje pawilon dla kotów. Zadaniem zajmuje się firma „ATB” Przedsiębiorstwo Budowlano Inżynieryjne Tomasz Adamczyk. Wartość kontraktu to 4.257.189,51 zł brutto.
W ramach zadania zostanie rozebrana część starej zabudowy, a w to miejsce powstanie nowy pawilon dla kotów z częścią kwarantannową i korytarzami. Zostaną przebudowane i wybudowane od nowa instalacje wewnętrzne i zewnętrzne. Inwestycja jest realizowana we współpracy z Krakowskim Towarzystwem Opieki nad Zwierzętami, która jest operatorem schroniska.
Nowy pawilon będzie budynkiem parterowym, niepodpiwniczonym. Zostanie połączony z istniejącymi obiektami za pomocą dwóch ciągów komunikacyjnych. Po wybudowaniu sektor dla kotów będzie miał ok. 700 m kw. powierzchni.